ここ醫王山大同寺は今から１２００年前の大同２年 （８０７年） に仏教寺院として開創されました。
当時年号から寺名を付けるということは、時代背景から見ても大変珍しいことであったとされています。
天台宗として始まり、当初は五重の塔や不動明王信仰があったと口伝にて伝えられています。そのような中でも山号の由縁となった本尊様である薬師如来像は今も現存し、当寺にてお祀りをしております。
その後、寺は一時衰退の一途を辿るものの南北朝時代の高僧　月庵宗光禅師によって禅宗寺院として開山、復興されました。
その時、山名宗全でよく知られる山名家の厚い帰依も受け大いに発展するところとなります。しかし当時に整然と完備された伽藍も、応仁の乱、夜久野ヶ原の戦いにてそのほとんどを焼失することとなりました。
1700年頃（江戸時代）に入ってから今の臨済宗妙心寺派となり、伽藍もその頃の再建で現在の姿となっています。